關於杯子蛋糕的起源，其實一直是一個迷團，但最廣為流傳的是奧地利名廚Franz.Sacher於19世紀時，他所服侍的奧地利皇家因為於宴會上需要一款便於賓客食用的蛋糕，因此要求他製作出一款蛋糕能給來訪的賓客不用刀叉切食並且能保持蛋糕的美觀與可口。
在英國，杯子蛋糕更有著充滿想像空間的暱稱叫做 "童話蛋糕"，也許是因為杯子蛋糕有著可隨心發揮創意製造驚喜的特質吧。
於此Franz.Sache首先嘗試將一般的蛋糕體積縮小化，並將蛋糕製成的模具改成一般下午茶用的杯子，這就是最一開始的杯子蛋糕的由來。 也有ㄧ種說法是杯子蛋糕起源自英國，最早的時候只是單純為了消耗原本要做成大蛋糕的麵糊，將多餘的麵糊分別倒進裝有烤紙的馬芬烤盤中，烘焙成杯子造型，在表面塗上奶油、糖霜和糖果等裝飾成花俏的小蛋糕，意外的受到兒童喜愛。
『杯子蛋糕-cupcake』源自於十九世紀的美國，食物歷史學家歸納杯子蛋糕之所以稱為杯子蛋糕的原因有二，一是形似在杯子內烘焙，二是這蛋糕的製作方法全靠杯子秤量，顧命名之。整個概念據說來自於muffin-馬芬，以一個人的份量作為單位。杯子蛋糕其實在早期又被稱作數字蛋糕-numbercake，因為製作杯子蛋糕的方法很簡單，也全靠數字記憶，例如：一杯的奶油＋兩杯糖＋三杯麵粉＋四顆蛋＋一杯牛奶＋一匙小蘇打，就是這樣簡單的數字口訣，小巧又易烘焙，因此而蔚為流行。
